De honingbijen verdwijnen op mysterieuze wijze van de planeet, ze verdwijnen letterlijk uit hun korven.
Bekend als Colony Collapse Disorder, zorgt dit fenomeen er voor dat imkers over de hele wereld zich in een crisis bevinden binnen een industrie die verantwoordelijk is voor de productie van appelen, broccoli, watermeloen, uien, kersen en een honderdtal andere vruchten en groenten.

Vanishing of the Bees volgt commerciële imkers David Hackenberg en Dave Mendes in hun streven om hun bijen gezond te houden en te voldoen aan de bestuivingscontracten met de VS.

De documentaire onderzoekt de alarmerende verdwijning van de honingbijen en de grotere betekenis die het heeft over de relatie tussen de mensheid en moeder aarde. Terwijl wetenschappers puzzelen over de oorzaak, laten organische bijenhouders alternatieve redenen voor dit tragische verlies zien. Conflicterende opties in overvloed en na jaren van onderzoek is een definitief antwoord nog niet gevonden op dit schrijnende mysterie.

Alhoewel de film niet met wetenschappelijke bewijzen komt die aangeven wat de exacte reden is van de bijensterfte, laat het wel doorschemeren dat de vermoedens richting neonicotinoïde pesticiden gaan.

YT